Если функционала базовых интеграций не хватает, то тогда можно расширить этот функционал путем разнообразных доработок со стороны 1С (по линии REST API и/или по линии FrameWork API) в случае облака и/или возможности API «Bitrix Framework» в случае коробочной версии.
Вариант #1 Б24-счета выписываются от имени нескольких разных организаций. Эти организации должны переходить в 1С-заказы (естественно и очевидно) в 1С-поле "Организация".
Вариант #2 Б24-счет попадает в 1С-счет, а не в 1С-заказ. Иногда лучше, что бы создавался счет, а не заказ, потому что с заказом есть сложности при проведении.
Вариант #3 Б24-счет создается произвольным пользователем Б24, после синхронизаци в 1С-заказе покупателя остается тот же самый пользователь, который был в Б24-заказе.